Khai báo hải quan – quy trình, hồ Sơ và lưu ý mới nhất 2025

Khai báo hải quan là một trong những bước quan trọng nhất trong hoạt động xuất nhập khẩu, quyết định đến tốc độ lưu thông hàng hóa và chi phí của doanh nghiệp. Năm 2025 với nhiều thay đổi về thuế, hệ thống công nghệ thông tin và quy định trị giá hải quan, đòi hỏi doanh nghiệp phải chủ động cập nhật thông tin, chuẩn bị kỹ hồ sơ và tuân thủ quy trình chuẩn. Thực hiện đúng và đủ không chỉ giúp tiết kiệm thời gian, chi phí mà còn nâng cao uy tín và vị thế của doanh nghiệp trên thị trường quốc tế.

Khai báo hải quan là gì?

Khai báo hải quan là thủ tục bắt buộc đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, quá cảnh hoặc phương tiện vận tải xuất nhập cảnh, được thực hiện bởi doanh nghiệp hoặc cá nhân có liên quan. Đây là quá trình cung cấp thông tin chi tiết về hàng hóa, chứng từ vận chuyển, hợp đồng mua bán và các giấy tờ liên quan cho cơ quan hải quan nhằm kiểm tra, giám sát, tính thuế và đảm bảo hàng hóa tuân thủ đầy đủ các quy định pháp luật. Thủ tục này không chỉ đảm bảo tính hợp pháp của hoạt động thương mại quốc tế mà còn góp phần bảo vệ an ninh kinh tế, môi trường và thúc đẩy lưu thông hàng hóa thuận lợi.

Quy trình khai báo hải quan mới nhất năm 2025

Quy trình khai báo hải quan tại Việt Nam năm 2025 được thực hiện theo hệ thống VNACCS/VCIS, tuân thủ Luật Hải quan 2014 (sửa đổi, bổ sung) cùng các nghị định và thông tư mới nhất. Việc nắm rõ từng bước sẽ giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, giảm rủi ro sai sót và thông quan nhanh hơn.

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ khai báo hải quan

 Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ gồm: tờ khai hải quan điện tử, hóa đơn thương mại (Invoice), vận đơn (Bill of Lading/Airway Bill), hợp đồng mua bán (Sales Contract), phiếu đóng gói (Packing List), giấy phép nhập khẩu nếu hàng thuộc diện quản lý đặc biệt và chứng nhận xuất xứ (C/O) để được hưởng ưu đãi thuế nếu có.

Bước 2: Đăng ký tờ khai trên hệ thống

 Người khai hải quan đăng nhập vào hệ thống VNACCS, nhập đầy đủ thông tin tờ khai bao gồm mã HS, trị giá hàng hóa, thuế suất, phương thức vận chuyển và các dữ liệu liên quan. Thông tin chính xác sẽ giúp quá trình xử lý nhanh hơn và tránh việc bị yêu cầu sửa đổi, bổ sung.

Bước 3: Phân luồng tờ khai

Sau khi đăng ký, hệ thống sẽ tự động phân luồng tờ khai thành ba mức: luồng xanh (miễn kiểm tra và thông quan ngay), luồng vàng (kiểm tra hồ sơ giấy) và luồng đỏ (kiểm tra thực tế hàng hóa). Mức độ kiểm tra phụ thuộc vào loại hàng, lịch sử tuân thủ và các yếu tố quản lý rủi ro.

Bước 4: Nộp thuế và phí liên quan

Kể từ ngày 7/8/2025, theo Thông tư 51/2025/TT-BTC, doanh nghiệp có thể thực hiện nộp thuế hải quan hoàn toàn điện tử thông qua Cổng thanh toán điện tử hải quan. Hình thức này giúp tiết kiệm thời gian, giảm sai sót và đảm bảo việc nộp thuế được ghi nhận ngay lập tức.

Bước 5: Thông quan và nhận hàng

Sau khi hoàn thành nghĩa vụ thuế và các thủ tục kiểm tra cần thiết, hàng hóa sẽ được thông quan và bàn giao cho chủ hàng. Doanh nghiệp nên theo dõi sát tiến trình thông quan để kịp thời xử lý nếu phát sinh vấn đề và đảm bảo hàng đến tay đúng thời gian dự kiến.

Các loại hình khai báo hải quan phổ biến

Khai báo hải quan được chia thành nhiều loại hình tùy thuộc vào mục đích và phương thức giao dịch của hàng hóa. Đối với hàng xuất khẩu, doanh nghiệp khai báo thông tin lô hàng rời khỏi lãnh thổ Việt Nam. Đối với hàng nhập khẩu, thủ tục được thực hiện để hàng hóa từ nước ngoài vào Việt Nam một cách hợp pháp. Ngoài ra còn có loại hình tạm nhập tái xuất hoặc tạm xuất tái nhập dành cho hàng hóa đưa vào hoặc đưa ra Việt Nam trong một thời gian nhất định trước khi quay trở lại thị trường ban đầu. Một loại hình khác là khai báo hải quan quá cảnh, áp dụng cho hàng hóa đi qua lãnh thổ Việt Nam nhưng không tiêu thụ tại thị trường trong nước.

Lưu ý mới về khai báo hải quan năm 2025

• Quy định về thuế GTGT hàng nhập khẩu: Từ 18/2/2025, hàng hóa nhập khẩu qua chuyển phát nhanh sẽ không còn được miễn thuế GTGT cho lô hàng giá trị nhỏ, yêu cầu doanh nghiệp điều chỉnh chi phí.
• Hệ thống CNTT hải quan mới: Từ 1/7/2025, hệ thống khai báo hải quan sẽ được nâng cấp, đồng bộ dữ liệu và cho phép kết nối tốt hơn với ngân hàng, cổng thanh toán.
• Quy định về trị giá hải quan: Từ 15/8/2025, trị giá hải quan sẽ tính dựa trên “cửa khẩu xuất/nhập đầu tiên” để xác định số thuế phải nộp, theo Nghị định 167.

Lợi ích khi khai báo hải quan chính xác và đúng quy trình

Khai báo hải quan đúng quy trình mang lại nhiều lợi ích thiết thực cho doanh nghiệp. Việc cung cấp thông tin chính xác giúp rút ngắn thời gian thông quan, giảm nguy cơ bị kiểm tra kéo dài hoặc bị lưu kho, lưu bãi. Doanh nghiệp cũng tiết kiệm được chi phí phát sinh và tránh các khoản phạt do sai sót trong khai báo. Nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện về xuất xứ, doanh nghiệp còn có thể được hưởng ưu đãi thuế từ các hiệp định thương mại tự do, giúp giảm giá vốn hàng hóa và tăng khả năng cạnh tranh.

Dịch vụ khai báo hải quan chuyên nghiệp

Nhiều doanh nghiệp, đặc biệt là các đơn vị mới tham gia xuất nhập khẩu hoặc không có bộ phận logistics riêng, lựa chọn sử dụng dịch vụ khai báo hải quan để tiết kiệm thời gian và đảm bảo tuân thủ pháp luật. Các đơn vị dịch vụ uy tín sẽ hỗ trợ trọn gói từ khâu chuẩn bị hồ sơ, khai báo điện tử, xử lý các trường hợp phân luồng vàng hoặc đỏ, cho đến khi hàng hóa được thông quan. Ngoài ra, họ còn tư vấn chính sách thuế, ưu đãi từ các hiệp định thương mại và hướng dẫn doanh nghiệp tận dụng tối đa quyền lợi hợp pháp.